针灸的历史悠久。据考证，它起源于我国原始社会的氏族公社制度时期。我国从400万年前就有了人类活动，大约从4万年前进入氏族公社制度时期，一直延续到距今4千年前。在这个时代，先民们以石器作为主要的生产和生活工具，所以考古学上称为石器时代。从远古到1万年前为旧石器时代，1万年前到7~8千年前为中石器时代，7~8千年前到4千年前为新石器时代。针灸疗法大约诞生于新石器时代。古书里保存着一些关于针灸起源的传说资料，都指这个时代。如皇甫谧《帝王世纪》里记载：太嗥伏羲氏“尝味百药而制九针”，罗泌《路史》则说太嗥伏羲氏“尝草治砭，以制民疾”。又皇甫谧《针灸甲乙经·序》说：“黄帝咨访歧伯、伯高，少俞之徒……而针道生焉”，孙思邈《备急千金要方·序》则说：“黄帝受命，创制九针”。

灸法属于温热疗法，与火的关系密切，火的历史在我国可以追溯到50万年前的“北京人”或80万年前的“蓝田人”时代，乃至更远。据考古学的研究，在北京周口店发掘的含骨化石地层中，就发现有遗留的灰烬和烧过的动物骨骼或土石。早在大约5万年前的原始氏族公社时期，我们的祖先就懂得了用火来取暖、熟食，尤其是1.8万年前的“山顶洞人”已掌握了人工取火的方法。灸法是随着火的应用而萌芽，并在其应用实践中不断发展的。

古人在煨火取暖时，由于偶然被火灼伤而解除了某种病痛，从而得到了烧灼可以治病的启示，这就是灸法的起源.“灸”字在《说文解字》中解释为“灼”，是灼体疗病之意.最早可能采用树枝、柴草取火熏、熨、灼、烫以消除病痛，以后才逐渐选用艾(moxa)为主要灸料。艾，自古以来就在我国广大的土地上到处生长，因其气味芳香，性温易燃，且火力缓和，于是便取代一般的树枝燃料，而成为灸法的最好材料。据《左传》记载，鲁成公10年(公元前581年)，晋景公病，秦国太医令医缓来诊，医缓说：“疾不可为也，在肓之上，膏之下，攻之不可，达之不及，药不治焉。”晋朝杜预注解：“攻”指艾灸，“达”指针刺。汉代张仲景的《伤寒杂病论》中有“可火”与“不可火”的记载，其所言之火，亦指艾灸。

“灸”字在现存文献记载中，以《庄子o盗跖》最早提及，如孔子劝说柳下跖：“丘所谓无病自灸也.”《孟子o离娄》也曾记载：“今人欲王者，犹七年之病，求三年之艾也”，显然也是指的艾灸。从中可以推断在春秋战国时代，灸法是颇为盛行的。1973年在我国湖南长沙马王堆发掘了三号汉墓。在出土的帛书中，记载了经脉灸法的就有3篇，是目前发现的《内经》以前最早的珍贵文献。在医学专著中，灸法最早见于《内经》.《素问o异法方宜论》说：“北方者，天地所闭藏之域也，其地高陵居，风寒冰冽，其民乐野处而乳食，脏寒生满病，其治宜灸炳，故灸炳者，亦从北方来。”说明灸法的产生与我国北方人民的生活习惯、条件和发病特点有着密切的关系。