上海交通大学前身是盛宣怀于1896年(光绪22年)创立的南洋公学，设立了师范院、外院、中院和上院四院。 与北洋大学堂同为中国近代历史上中国人自己最早创办的大学。由于19世纪末天津发生义和团运动，因此北洋大学堂的师生被波转移到南洋公学继续教学，1899年北洋大学(今天津大学)在这里颁发了中国第一张大学文凭。1911年改为南洋大学，1921年改称交通大学，1922年称交通部南洋大学，1928年又改称交通大学。

1949年5月27日，中国人民解放军解放上海，同年6月15日，接管交通大学。交通大学部分校友迁至台湾后"复校"，这就是后来位于新竹的"国立交通大学"。1956至1959年，在支援和发展大西北的历史背景下，交通大学由上海部分和西安部分组成。1959年，两部分独立建校，上海部分称上海交通大学。