棋魂动画视频改编自同名漫画，是以围棋为主线展开的故事。小学六年级的进藤光为了赚些零用钱，跑到爷爷家里寻宝，偶然翻出了一个旧棋盘。接触棋盘的一瞬间，附身于棋盘中的平安时代棋士——藤原佐为的灵魂进入了小光的体内。佐为将围棋视为生命，在他的熏陶下，小光也逐渐对围棋产生了兴趣。

光在围棋会所结识了棋坛名人之子——塔矢亮。为了测试佐为的实力，光贸然与亮对弈，结果小胜对手。他不知道塔矢亮的身份，误以为佐为棋力平常，对此深为不满。然而塔矢亮却大受打击，失意至极。数日后，亮再次向光挑战，虽然他对光藐视围棋的态度十分气愤，但是无奈再次惨败在佐为手下。

光应朋友之邀，前往叶濑中学参加校庆活动。他冒充初中生加入叶濑中学团队参加校际围棋赛。在团体赛的决赛中，从第二场开始，借助佐为的力量连克强敌，结果叶濑中学力挫名校海王中学，夺得了冠军。可惜有人揭发小光还是个小学生，因此被大赛取消了名次。

不久后，光升入叶濑中学，并加入了围棋部。与此同时，塔矢亮也考入了海王中学，为了和光对局，他专程前往叶濑中学挑战。但是，光深知自己远远不是亮的对手，断然回绝。亮得知光即将参加校际围棋比赛后，为了与他一决高下，不惜加入海王中学围棋部。

光发现同年级的三谷棋艺出众，便邀请他加入围棋部。在他的不懈努力下，三谷终于同意参加校际围棋团体赛。亮在得知光将在团体赛中担任叶濑中学末将后，以退部为要挟获得海王中学末将资格。

围棋大赛上，光与亮第三次交锋，为了解自己与对手的差距，最终决定亲自与亮对弈，但结果以惨败告终。在第二回合叶濑中学便被淘汰出局。之后，亮决意参加职业棋士考试。

暑假，为了帮佐为寻找下棋对手，光学会网络围棋并化名为sai四处挑战。sai的高超棋艺使其名扬海外。国际业余围棋赛在日本举行，选手们纷纷询问网上神秘高手sai的真正身份，赛场一片哗然。亮之后向sai发起挑战，却惊奇的发现sai的手法与小光如出一辙。为了不影响比赛，亮果断的中途投降，要求改日再战。